地上の８０％が海に沈んだ２２世紀――。人類は海上に拠点を築き、未知の深海を切り拓くため、《水使い》と呼ばれる異能者の養成に力を注いでいた。その舞台となるのが、深海踏破の技術と能力を叩き込むアカデミー。かつて学生だった山城ミナトは、若いながら技術教官として母校に戻る。個性豊かな女子学生たちの成長を見守りながら、平穏な日々が続くはずだった――。しかし、ある訓練の最中に深海から謎のＳＯＳが鳴り、生徒たちとの「訓練」は一瞬で「生存戦」へと変わり、常識を覆す深海の恐怖と絶望に巻き込まれていく。