―――400年前、人類に仇をなした兵器ロイド達によって「終末戦争」が勃発し一度崩壊してしまった世界。生き残った人々は当時の遺物を発掘・修復しながら復興の道を辿って行く。フォルス王国・国防ロイド研究機関に所属するヨシュアはある日、ロイド発掘の為に現場へ向かうが途中で事故に遭遇し、意識を失ってしまう。目を覚ましたヨシュアの前に現れたのは見たことのない戦艦級の兵器ロイドで―――！？