かつて存在した陸地は沈み、人々が暮らす人工地盤以外は海だけが広がる世界・ブルーユニバース。潜水能力を認められた16歳の少女・ナギサは海底遺跡・アトラを探索するダイバーに抜擢され、エースチームで先輩のハルカとバディを組むことに。旧時代の情報が記録されたキューブや大型海獣・遺跡クジラなど、ナギサの未知との出会いが始まるーー。