Seorang siswa pindahan bernama Minato Arisato tiba di Iwatodai dan terseret ke Dark Hour, waktu tersembunyi di antara hari yang hanya muncul saat tengah malam. Di sana, manusia berubah jadi peti mati dan monster bernama Shadow berkeliaran. Bersama organisasi pelajar S.E.E.S., Minato belajar menggunakan Evoker untuk memanggil Persona miliknya dan menantang Tartarus, menara labirin yang jadi sumber kekacauan. Di siang hari, ia tetap harus sekolah, membangun relasi, dan menyeimbangkan kehidupan normal dengan tugas memburu Shadow. Setiap purnama membawa ancaman Shadow yang lebih besar sekaligus petunjuk soal asal-usul Dark Hour dan proyek rahasia Kirijo Group. Seiring ikatan sosialnya menguat, kekuatan Persona Minato berevolusi, tetapi konsekuensi pilihan mereka makin berat. Saat tabir masa lalu terangkat dan dunia mengarah pada kebangkitan kehancuran, S.E.E.S. harus memutuskan apakah mereka siap membayar harga untuk menyelamatkan semua orang, termasuk orang-orang yang mereka sayangi.