Oyasumi Punpun menceritakan perjalanan hidup Punpun Punyama, seorang anak laki-laki yang berusaha memahami dunia yang kompleks dan penuh dengan ketidakpastian. Dari masa kecilnya yang dipenuhi dengan kebingungan dan kesendirian, Punpun tumbuh menghadapi berbagai tantangan emosional dan sosial yang mengguncang dunia batinnya. Hubungan keluarga yang rumit dan asmara yang penuh lika-liku menjadi bagian penting dalam pencarian dirinya. Melalui mata Punpun yang digambarkan secara unik dengan bentuk burung kecil, komik ini menyajikan konflik internal dan perasaan gelap yang seringkali tersembunyi dari pandangan dunia luar. Kisahnya berlanjut hingga masa dewasa dengan eksplorasi tema-tema seperti trauma, kehilangan, dan pencarian makna hidup yang memikat sekaligus menyentuh pembacanya secara mendalam.