Susumu Nakoshi adalah pria tunawisma yang tinggal di dalam mobil di antara kawasan hotel mewah dan lingkungan kumuh Tokyo. Suatu hari, ia menerima tawaran Manabu Ito, mahasiswa kedokteran yang membutuhkan uang untuk eksperimen trepanasi, yaitu membuat lubang kecil pada tengkorak manusia. Setelah menjalani prosedur itu, Nakoshi mulai melihat sosok-sosok aneh yang disebut homunkulus setiap kali menutup salah satu matanya. Sosok-sosok tersebut bukan sekadar halusinasi, melainkan gambaran menyimpang dari kondisi batin orang-orang di sekitarnya. Nakoshi kemudian berusaha memahami makna di balik penampakan itu, sekaligus menghadapi trauma, ingatan, dan sisi dirinya sendiri yang selama ini ia tekan. Semakin jauh ia menyelidiki homunkulus, semakin kabur batas antara kenyataan dan persepsi pribadinya.